燃料電池按照不同的方式可分為如下：

　　1. 按燃料電池的運行機理分。

　　可以分為酸性燃料電池以及堿性燃料電池。

　　2. 按電解質的種類不同，有酸性、堿性、熔融鹽類或固體電解質。

　　所以燃料電池可分為磷酸燃料電池（PAFC）、堿性燃料電池（AFC）、熔融碳酸鹽燃料電池(MCFC)、質子交換膜燃料電池（PEMFC）固體氧化物燃料電池（SOFC）等。

　　3. 按燃料種類分。

　　有甲苯、丁烯、丁烷、氫氣、甲醇、甲烷、乙烷等有機燃料，汽油、柴油和天然氣等氣體燃料，有機燃料和氣體燃料必須經過重整器"重整"為氫氣后，才可以作為燃料電池的燃料。

　　4. 按燃料電池工作溫度分。

　　低溫型：溫度低于200℃，中溫型：溫度為200～750℃。高溫型：溫度高于750℃。

　　還有在高溫（600～1000℃）下運行的燃料電池，比如熔融碳酸鹽燃料電池（MCFC）和固體氧化物燃料電池（SOFC），這類的燃料電池不需使用貴金屬作為催化劑。但是因為工作溫度高，需要使用復合廢熱回收裝置來利用廢熱，體積大，質量重，只適用于大功率的發電廠中。